Das Einzugsgebiet der dritten Wiener Kirchengemeinde Wien-Donaustadt erstreckt sich von den am linken Donauufer gelegenen großen Wiener Stadtbezirken Floridsdorf und Donaustadt bis in Teile des niederösterreichischen Weinviertels.
Am 4. Juli 1954 übergab der Bezirksälteste und spätere Apostel Max Gurtner ein Mietlokal in Wien-Leopoldstadt seiner Bestimmung als Gottesdienststätte und beauftragte den Priester und späteren Bischof Franz Janda als Vorsteher dieser dritten Wiener Stadtgemeinde.
Im Jahr 1974 wurde der Hirte und spätere Bezirksevangelist Josef Fellinger als Vorsteher eingesetzt. Nach dem Anwachsen der Gemeinde von ursprünglich 85 auf 259 Mitglieder und dem Bau großer Wohnsiedlungen am linken Donauufer von Wien übersiedelte die Kirchengemeinde am 15. Mai 1977 in einen Saal im „Haus der Begegnung“ nach Wien-Floridsdorf.
Nach dieser vorübergehenden Lösung wurde ein geeignetes Kirchengrundstück in Wien-Donaustadt gefunden, wo am 10. Juli 1983 durch den Bezirksapostel und späteren Stammapostel Richard Fehr die nunmehrige Kirche Wien-Donaustadt eingeweiht wurde.
Im Jahr 1986 wurde der Hirte und spätere Bischof Jürgen Müller als Vorsteher berufen, ihm folgte 1990 der Hirte Heinz Dainko, 2004 der Evangelist und spätere Hirte Peter Janda sowie 2013 Bezirksevangelist Bernd Lukschu als Vorsteher nach.
Im Gottesdienst vom 14.10.2015 beauftragte Apostel Philipp Burren Hirte Walter Hessler als Vorsteher der Kirchengemeinde.
Am 20.02.2022 setzte Apostel Matthias Pfützner Hirte Hessler als Gemeindevorsteher in den Ruhestand und beauftragte Bezirksältesten Klaus Dainko zum neuen Vorsteher der Kirchengemeinde.